Team Ai
Datasetpublic

fabricioslv/encode-chip-seq-vetorizado

ENCODE ChIP-seq Vetorizado Saída do pipeline de vetorização do fabricioslv/encode-chip-seq-subset. 3 estratégias Stage 1 — Bins fixos (10kb) Matriz densa (n_bins × n_tracks) por cromossomo. Formato: .npz. Stage 2 — Peak detection (5σ) + embeddings Picos detectados por threshold estatístico. Embedding de 9 features por pico. Formato: peaks.tsv + embeddings.npz. Stage 3 — Janelas sliding (10kb, stride 5kb) + DL tensors… See the full description on the dataset page: https://huggingface.co/datasets/fabricioslv/encode-chip-seq-vetorizado.

sourceHugging Facecc0-1.0updated 1mo agoView on Hugging Face
0likes226downloads
Dataset Card

ENCODE ChIP-seq Vetorizado

Saída do pipeline de vetorização do fabricioslv/encode-chip-seq-subset.

3 estratégias

Stage 1 — Bins fixos (10kb)

Matriz densa (n_bins × n_tracks) por cromossomo. Formato: .npz.

Stage 2 — Peak detection (5σ) + embeddings

Picos detectados por threshold estatístico. Embedding de 9 features por pico. Formato: peaks.tsv + embeddings.npz.

Stage 3 — Janelas sliding (10kb, stride 5kb) + DL tensors

Tensores normalizados (z-score) prontos para CNN/Transformer. Formato: .h5.

Parâmetros

  • —Bin size: 10000 bp
  • —Peak threshold: 5.0σ
  • —Window: 10000 bp, stride: 5000 bp
  • —Sub-sampling: 100 pontos por janela (Stage 3)
  • —Device: cpu